Profesör Fissenger'in fikrinin alınmasından sonra, doktorlar ikinci ponksiyon'un gününü tespit için toplandılar. Operatör Doktor Mim Kemal Öke, 21 Eylül günü Atatürk'ün karnında biriken suyu tekrar aldı. 26-27 Eylül günü Atatürk ilk kez komaya girdi. Komayı atlatan Atatürk Ankara'ya gitmek istiyordu. Ancak doktorlar Atatürk'ün Ankara'ya gitmesine izin vermiyorlardı. Atatürk isyan edercesine "Ankara'ya gidelim. Ne olacaksam orada olayım " diyor, doktorların izin vermemelerinin sebepleri açıklanınca hiddetleniyordu.

Atatürk "Beni bir an evvel Ankara'ya götürün yapılacak mühim işler var", demiş, ne yazık ki yapacakları, düşündükleri ne ise yapamamıştı.

Yapılan tüm tedavilere rağmen Atatürk günden güne kötüleşiyor, karın bölgesinde su toplanmaya devam ediyordu. Viyana'dan Eppinger, Almanya'dan Bergmann adında iki profesör gelmişti. Bunların koydukları teşhis ve tedavi aynı idi "siroz". Atatürk 16 Ekim 1938'de ağır bir komaya daha girdi ve 20 Ekim gününe kadar komada kaldı.